Система автоматизации (СА) МНС (вкл. САР) и система автоматизации пожаротушения (САП) НПС "Таежная" построены на базе программируемых логических контроллеров серии DCS-2000 (M3) и модулей серии МКСО производства АО "ЭМИКОН".

СА МНС НПС "Таежная" выполняет следующие функции:
- централизованное управление технологическим оборудованием;
- безаварийную эксплуатацию технологического оборудования при любом единичном отказе СА;
- приведение в безопасное состояние технологического оборудования при обнаружении критического отказа СА;
- возможность изменения объема контролируемого технологического оборудования без принципиального изменения структуры СА и структуры программного обеспечения.

САП НПС "Таежная" выполняет защиту от пожара машинного зала МНС, маслосистемы МНС, помещения ЗРУ и помещения кроссовых панелей.